De Kerkuil komt vooral voor in halfopen agrarische cultuurlandschappen met allerlei landschapselementen die voor afwisseling zorgen. Er wordt vooral gejaagd in het open veld, bij voorkeur op plaatsen waar akkers en graslanden worden afgewisseld met kruidenrijke akkerranden, houtwallen of brede bermen.

Veruit het meest favoriete prooidier van de Kerkuil is de Veldmuis. Deze komen talrijk voor in korte, ruige vegetaties. Het aantal broedende Kerkuilen is per jaar sterk afhankelijk van het aantal veldmuizen: meer Veldmuizen betekend meer Kerkuilen. Ook andere muizensoorten staan op het menu. Soms worden ook vogels gepakt, zoals Spreeuwen en Mussen.